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一個熒光蛋白的遺傳變異廣泛，功能幾乎跨越整個可見光譜的熒光顯微鏡的熒光發(fā)射光譜剖面在過去幾年已開發(fā)。在原來的水母蛋白的廣泛突變的努力產(chǎn)生了新的熒光探針，從藍色到黃色和一些體內(nèi)記者分子生物學(xué)研究中使用最廣泛的色彩范圍。波長較長的熒光蛋白，橙色和紅色光譜區(qū)域發(fā)光，已開發(fā)海洋的海葵Discosoma芨和珊瑚，屬于類Anthozoa。還有一些物種已被開采產(chǎn)生類似的蛋白質(zhì)，有青色，綠色，黃色，橙色，紅色，和遠紅光的熒光發(fā)射。發(fā)展研究正在努力提高亮度和熒光蛋白的穩(wěn)定性，從而提高他們的整體效用。

在廣泛的顯微鏡的熒光蛋白光譜多樣性的認(rèn)識至關(guān)重要的發(fā)現(xiàn)迄今結(jié)構(gòu)調(diào)查，立體的熒光性質(zhì)和熒光性質(zhì)及其周邊環(huán)境的的影響。除了水母蛋白，似乎是一個變異的紅移熒光蛋白的熒光團的高度。即使通過DsRed的熒光團的配置，稱為平面順，似乎是在發(fā)出橙色和紅色區(qū)域的大多數(shù)蛋白質(zhì)的主要結(jié)構(gòu)，有至少有兩個額外的圖案，平面反式和非平面反，已鑒定通過X -射線衍射研究。紅色熒光蛋白eqFP611 Entacmaea quadricolor孤立的，它顯示一個最大的斯托克斯位移和自然發(fā)生的任何Anthozoan熒光蛋白的紅移發(fā)射波長型材，被發(fā)現(xiàn)在一個平面的跨主題。相比之下，非平面反式構(gòu)象的非熒光的Montipora efflorescens Rtms5 chromoprotein的特點。